A gincana é dividida em fases. A primeira fase é chamada de Jogo de Engajamento, e dura de quatro a seis semanas. Essa etapa pode ser realizada de forma online, presencial ou híbrida. A diretoria da escola dá o pontapé inicial, inscrevendo a escola no portal do Programa e solicitando o envio do kit com o material da gincana. A direção escolhe de três a cinco mestres do jogo, que geralmente são os professores mais populares entre os alunos. Cada mestre então escolhe seu Agente X, que deve ser um aluno popular com alto poder de persuasão dos colegas. Cada agente X forma então uma liga com até mais quatro estudantes, cujo objetivo é montar uma “tribo” reunindo o maior número de ex-alunos e adultos da comunidade do entorno da escola, como comerciantes, líderes comunitários, vizinhos, pais de alunos, entre outros.

Na segunda fase, ocorre a Gincana X. Nesta fase, as tribos concorrem entre si, fazendo atividades como pintura de murais, atividades esportivas, culturais, competições de conhecimento geral, e busca ativa de alunos que não estão mais frequentando a escola. Cada uma dessas atividades gera uma pontuação para a tribo. 

A terceira fase é chamada de Jornada X e tem o propósito de envolver os alunos desmotivados ou aqueles que foram reconduzidos à escola. A jornada tem uma duração completa de um semestre letivo, e funciona como uma extensão da Gincana X, promovendo atividades para o engajamento da comunidade escolar e recondução dos alunos desmotivados para a escola.